V roku 1994 sa opravila hlavná trávnatá plocha, tribúna, rekonštruovala vodáreň a do prevádzky sa uviedla i plynová kotolňa. V dlhodobých súťažiach boli 2 družstvá dospelých, 2 družstvá dorastu a 4 družstvá žiakov.
Prvé mužstvo dospelých v sezóne 1993/94 postupovalo v tabuľke nahor a nakoniec postúpilo do 1.A triedy. Tu mu po jesennej časti mu patrilo 9. miesto. B mužstvo hralo v III. lige západ po jeseni bolo prvé. Predsedom oddielu bol Pavol Krasňanský. V spolupráci s III. ZŠ bola od 1. septembra 1994 založená školská športová - futbalová trieda (v piatom ročníku). 9. februára 1994 boli u primátora mesta Ing. Michala Srholca prijatí najlepší športovci a kolektívy za rok 1994. Bola medzi nimi dvojica futbalistov Jozef Jankovič a Jozef Dojčár.
V sezóne 1994/1995 mal oddiel v dlhodobých súťažiach 8 mužstiev. A-mužstvo mužov obsadilo ako nováčik V. ligy so skóre 51:50 5. miesto. B mužstvo v III. lige západ bolo po jesennej časti na prvom mieste a darilo sa mu aj na jar. Napokon však skončilo na 2, mieste za Sekulami. Starší dorast skončil v regionálnej lige tiež na 5. mieste, starší žiaci boli v regionálnej lige druhí a mladší vyhrali okresný prebor. Prípravka hrala úspešne v Moravsko-slovenskej lige a žiaci športovej triedy v krajskej súťaži tried. Futbalisti v tomto roku pracovali v o niečo skromnejších podmienkach po odstúpení hlavného sponzora. Na jeseň 1995 bolo áčko v strede tabuľky a béčko sa pohybovalo na špici.
16. februára 1996 boli vyhlásení a prijatí u primátora mesta najlepší skalickí športovci za rok 1995 a medzi nimi futbalista Pavol Daniel a futbalisti - mladší žiaci. V roku 1996 boli v ŠK Skalica združené oddiely atletiky (40 členov), baseballu (25), futbalu (170), tenisu (98). Definitívne ukončil svoju činnosť oddiel boxu. Futbalový oddiel mal v dlhodobých súťažiach 5 mládežníckych a dve mužstvá seniorov. A mužstvo seniorov hralo v V. lige a v ročníku 1995/1996 skončilo na 7. mieste. Béčku sa darilo lepšie a obsadilo 3. miesto. Starší dorast v III. lige a mladší dorast v II. lige. V januári a februári sa uskutočnil 4. ročník zimného futbalového turnaja za účasti 8 mužstiev (i z Česka). Na jeseň 1996 sa A mužstvo nedarilo, ale neskôr ku koncu jesene sa vyšplhalo na 4. miesto. Béčko bolo piate.
Futbalové "A" družstvo dospelých skončilo v súťažnom ročníku 1996/1997 na 7. priečke, čo mu stačilo na postup do 4. ligy. "B" mužstvo obsadilo 3. miesto v bývalej 3. triede okresu Senica a postúpilo do 7. ligy. "A" dorast zostúpil zo 4. ligy. Starší žiaci boli s mladším dorastom v ročníku 1997/98 zaradení do náročnej súťaže II. ligy a mladší žiaci a prípravka hrali v okresných súťažiach, keď patrili k najlepším v súťaži. 16. júna sa na futbalovom štadióne uskutočnil 1. minifutbalový turnaj žiakov Street Soccer Cup 1997. V školskom roku 1996/97 bola otvorená kombinovaná športová trieda v piatom ročníku futbalovo-volejbalová. 14. septembra 1997 sa za veľkej diváckej účasti uskutočnilo medzinárodné futbalové stretnutie osobností Česka a Slovenska (zorganizované firmou ADUT). V 4. lige Trnava A -mužstvo po jeseni figurovalo na 7. mieste a B mužstvo v VII. lige Senica na spodných priečkach.
17. apríla 1998 boli na pôde radnice vyhlásení najlepší športovci a športové kolektívy za rok 1997. Opäť medzi nimi nechýbali futbalisti – jednotlivci Milan Ovečka, Ivan Púdelka a Miroslav Sprušanský za mládež a Zdenek Pardubský za mužov. V sezóne 1997/1998 skončili futbalisti ŠK s bilanciou 15 víťazstiev, 4 remíz a 11 prehier na 6. mieste, keď ich prehra v poslednom stretnutí v Brodskom pripravila o konečné 4. miesto. B mužstvo sa pohybovalo na jar okolo stredu tabuľky a nakoniec sa finišom prepracovalo na 4. miesto. Na jeseň 1998 sa obom tímom vôbec nedarilo a obe boli v spodných častiach tabuľky. A mužstvo skončilo až pätnáste.
Prvé mužstvo dospelých v sezóne 1993/94 postupovalo v tabuľke nahor a nakoniec postúpilo do 1.A triedy. Tu mu po jesennej časti mu patrilo 9. miesto. B mužstvo hralo v III. lige západ po jeseni bolo prvé. Predsedom oddielu bol Pavol Krasňanský. V spolupráci s III. ZŠ bola od 1. septembra 1994 založená školská športová - futbalová trieda (v piatom ročníku). 9. februára 1994 boli u primátora mesta Ing. Michala Srholca prijatí najlepší športovci a kolektívy za rok 1994. Bola medzi nimi dvojica futbalistov Jozef Jankovič a Jozef Dojčár.
V sezóne 1994/1995 mal oddiel v dlhodobých súťažiach 8 mužstiev. A-mužstvo mužov obsadilo ako nováčik V. ligy so skóre 51:50 5. miesto. B mužstvo v III. lige západ bolo po jesennej časti na prvom mieste a darilo sa mu aj na jar. Napokon však skončilo na 2, mieste za Sekulami. Starší dorast skončil v regionálnej lige tiež na 5. mieste, starší žiaci boli v regionálnej lige druhí a mladší vyhrali okresný prebor. Prípravka hrala úspešne v Moravsko-slovenskej lige a žiaci športovej triedy v krajskej súťaži tried. Futbalisti v tomto roku pracovali v o niečo skromnejších podmienkach po odstúpení hlavného sponzora. Na jeseň 1995 bolo áčko v strede tabuľky a béčko sa pohybovalo na špici.
16. februára 1996 boli vyhlásení a prijatí u primátora mesta najlepší skalickí športovci za rok 1995 a medzi nimi futbalista Pavol Daniel a futbalisti - mladší žiaci. V roku 1996 boli v ŠK Skalica združené oddiely atletiky (40 členov), baseballu (25), futbalu (170), tenisu (98). Definitívne ukončil svoju činnosť oddiel boxu. Futbalový oddiel mal v dlhodobých súťažiach 5 mládežníckych a dve mužstvá seniorov. A mužstvo seniorov hralo v V. lige a v ročníku 1995/1996 skončilo na 7. mieste. Béčku sa darilo lepšie a obsadilo 3. miesto. Starší dorast v III. lige a mladší dorast v II. lige. V januári a februári sa uskutočnil 4. ročník zimného futbalového turnaja za účasti 8 mužstiev (i z Česka). Na jeseň 1996 sa A mužstvo nedarilo, ale neskôr ku koncu jesene sa vyšplhalo na 4. miesto. Béčko bolo piate.
Futbalové "A" družstvo dospelých skončilo v súťažnom ročníku 1996/1997 na 7. priečke, čo mu stačilo na postup do 4. ligy. "B" mužstvo obsadilo 3. miesto v bývalej 3. triede okresu Senica a postúpilo do 7. ligy. "A" dorast zostúpil zo 4. ligy. Starší žiaci boli s mladším dorastom v ročníku 1997/98 zaradení do náročnej súťaže II. ligy a mladší žiaci a prípravka hrali v okresných súťažiach, keď patrili k najlepším v súťaži. 16. júna sa na futbalovom štadióne uskutočnil 1. minifutbalový turnaj žiakov Street Soccer Cup 1997. V školskom roku 1996/97 bola otvorená kombinovaná športová trieda v piatom ročníku futbalovo-volejbalová. 14. septembra 1997 sa za veľkej diváckej účasti uskutočnilo medzinárodné futbalové stretnutie osobností Česka a Slovenska (zorganizované firmou ADUT). V 4. lige Trnava A -mužstvo po jeseni figurovalo na 7. mieste a B mužstvo v VII. lige Senica na spodných priečkach.
17. apríla 1998 boli na pôde radnice vyhlásení najlepší športovci a športové kolektívy za rok 1997. Opäť medzi nimi nechýbali futbalisti – jednotlivci Milan Ovečka, Ivan Púdelka a Miroslav Sprušanský za mládež a Zdenek Pardubský za mužov. V sezóne 1997/1998 skončili futbalisti ŠK s bilanciou 15 víťazstiev, 4 remíz a 11 prehier na 6. mieste, keď ich prehra v poslednom stretnutí v Brodskom pripravila o konečné 4. miesto. B mužstvo sa pohybovalo na jar okolo stredu tabuľky a nakoniec sa finišom prepracovalo na 4. miesto. Na jeseň 1998 sa obom tímom vôbec nedarilo a obe boli v spodných častiach tabuľky. A mužstvo skončilo až pätnáste.